Kurzbeschreibung

Das Molekularmechanik-Programm NAMD bietet umfangreiche Möglichkeiten zur Berechnung chemischer und physikalischer Eigenschaften sehr großer molekularer Systeme. Aufgrund sehr schneller Kraftfeld-basierter Methoden können mit NAMD sehr große Systeme bestehnd aus mehreren tausend bis hin zu Millionen von Atomen simuliert werden. Viele statistischen und thermodynamischen Eigenschaften können aus den Simulationen abgeleitet werden. Im Gegensatz zu quantenchemischen Methoden steht jedoch die elektronische Wellenfunktion nicht zur Verfügung.

Helpdesk

Mo - Fr 8 - 18 Uhr
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Service-Points des kiz

Verfügbarkeit an der Universität Ulm

Zielsystem/Zielgruppe	Verfügbarkeit
kiz CUSS Cluster (Solaris)	Nein
kiz CUSS Cluster (Linux)	Nein
kiz Linux Pools	Nein
kiz Windows Pools	Nein
bwGRiD Cluster Ulm	Ja, nach Laden des entsprechenden Moduls; bitte Lizenz beachten
Uniweiter Lizenzzugriff	Ja, die Software kann kostenlos heruntergeladen werden
Externer Lizenzzugriff	Ja, die Software kann kostenlos heruntergeladen werden
Softwarebezug Studierende	Ja, die Software kann kostenlos heruntergeladen werden
Softwarebezug Mitarbeiter	Ja, die Software kann kostenlos heruntergeladen werden

Nutzungsbedingungen und Lizenzvereinbarungen

Nachdem man eine kostenlose Lizenz auf der NAMD Webseite beantragt hat, kann man NAMD kostenlos für eigene Forschungsprojekte einsetzen.

Bitte zitieren Sie in Ihren Veröffentlichungen NAMD gemäß der Vorgaben, die Sie auf der NAMD Webseite finden.

Uniweiter Lizenzzugriff und Softwarebezug

Nach Registrierung können Sie NAMD im Bereich "DOWNLOAD" der NAMD Webseite herunterladen. Der Download enthält auch eine Installationsanleitung. Für Forschung und Lehre ist die Nutzung kostenlos.

Weiterführende Dokumentation

Im Bereich "DOCUMENTATION" der NAMD Webseite finden Sie eine ausführliche Dokumentation zu NAMD.

Zugriff auf Software (nur bwGRiD)

NAMD ist zur Zeit nur auf den Rechnern des bwGRiD-Ulm verfügbar. Sie können dort mittels des Befehls

module load chem/namd

Zugriff auf das Programm erhalten. Per Default wird zur Zeit die Version 2.7b1 geladen. Alle verfügbaren NAMD-Versionen werden von dem Befehl

module avail chem/namd

angezeigt. Detaillierte Hilfe und Beispiele für das Queueing-System erhalten Sie mittels des Befehls

module help chem/namd

Bitte lesen Sie den Modul-Hilfetext bevor Sie Gromacs verwenden.

Support

Bitte wenden Sie sich an unseren Softwaresupport, wenn Sie weitergehende Hilfe benötigen.