Zugriff auf Software (Linux/Solaris) am CUSS Compute Cluster und auf den Linux Pool Computern

Softwarepakete werden sowohl auf den Linux- und Solaris-Servern des CUSS Compute Clusters als auch auf den Linux Pool Computern mittels des Module-Systems bereitgestellt. Um mit dem Module-System zu arbeiten, benötigen Sie auf den Linux Pool Computern ein Terminal-Programm (Kommandozeilenfenster), z.B. xterm oder konsole. Der Zugriff auf die Server des CUSS Compute Clusters erfolgt remote mittels des Befehls ssh (unter Linux) bzw. PuTTY (unter Windows):

  • Auf den Linux-Poolcomputern des kiz können Sie ein solches Konsole-Fenster / Terminal-Programm über das K-Menü öffnen. Das K-Menü finden Sie unter openSUSE/KDE indem Sie auf das grüne Chamäleon (in der Regel unten links) klicken. In dem Menü wählen Sie dann "Terminal Programm" oder "Konsole" aus.
  • Von Ihrem eigenen Linux-Rechner aus können Sie sich mittels des Befehls ssh auf einem der CUSS Compute Server einloggen. Auch hier öffnen Sie zunächst lokal ein Konsole-Fenster und geben dann z.B. ssh zeus.rz.uni-ulm.de ein. Für grafische Anwendungen ist die Aktivierung von X-Forwarding (z.B. ssh -X zeus.rz.uni-ulm.de) und eine schnelle Verbindung zum Server notwendig.
  • Wenn Sie einen Windows-Computer verwenden, können Sie mittels PuTTY eine Verbindung zu den Rechnern des CUSS Compute Clusters aufbauen. Unter Windows ist X-Forwarding leider deutlich komplizierter und wird daher hier nicht beschrieben. Wir empfehlen die Verwendung von Linux.

Um sich auf den Rechnern des kiz einloggen zu können, benötigen Sie einen kiz Unix-Account. Dieser ist nur im "Vollpaket" der "Account-Pakete" enthalten.

Seit März 2010 wird am bwGRiD und am CUSS das gleiche Module-System zur Verwaltung von Software verwendet.

Helpdesk

Kontaktzeiten Mo - Fr  8 - 18 Uhr
Telefon +49 (0)731/50-30000
Öffnet ein Fenster zum Versenden einer E-Mailhelpdesk(at)uni-ulm.de
Web-Formular für Anfragen
[mehr]

Service-Points des kiz

Syntax des module Befehls (gültig für CUSS Compute Cluster und Linux Pool Computer)

Die module-Befehle stehen auf der Kommandozeile der CUSS-Compute Servern, z.B. andromeda.rz.uni-ulm.de (Solaris) oder zeus.rz.uni-ulm.de (Linux), und der Linux-Pool Computern zur Verfügung. Im Weiteren folgt eine kurze Beschreibung der wichtigsten Befehle.

  • Zur Anzeige aller verfügbaren Softwarepakete und Versionen verwenden Sie den Befehl

    module avail

  • Sie können die angezeigten Softwarepakete auf eine bestimmte Kategorie einschränken:

    module avail KATEGORIE

    Es gibt bisher folgende KATEGORIEn: compiler, debugger, devel, mpi, numlib, lib, bio, cae, chem, cs, math, phys, vis und misc. Zum Beispiel werden mittels des Befehls module avail vis alle verfügbaren Visualisierungsprogramme und mittels module avail compiler alle verfügbaren Compiler angezeigt. Es befindet sich nicht zwingend in jeder Kategorien auch Software. Wenn Sie nicht wissen, welche Kategorie Sie interessiert, oder wenn Sie alle verfügbaren Kategorien sehen möchten, dann verwenden Sie bitte einfach den Befehl module avail.

  • Eine Liste aller Softwarepakete mit jeweils kurzen Beschreibungen erhalten Sie mit

    module whatis

  • Um ein bestimmtes Softwarepaket zu laden und die Befehle und Umgebungsvariablen der Software auf der Kommandozeile zugänglich zu machen, verwenden Sie den Befehl

    module load KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION

    Die entsprechenden Softwarenamen und Versionen werden von dem module avail Befehl angezeigt. Zum Beispiel wird der Zugriff auf Version 11.8.21 des Chemie-Visualisierungspakets Jmol mittels des Befehls module load vis/jmol/11.8.21 ermöglicht. Die Sun Compiler Suite können Sie mit dem Befehl module load compiler/sun/12u1 laden.

  • Wenn Sie den load-Befehl ohne Angabe der VERSION ausführen

    module load KATEGORIE/SOFTWARENAME

    wird die entsprechende Default-Version geladen. Wenn nicht anders angegeben ist die Default-Version die letzte Version. Beispielsweise lädt der Befehl module load vis/jmol die aktuelle (default) Version von Jmol und module load compiler/sun die Defaultversion der Sun Compiler Suite.

  • Manche Module sind von anderen abhängig: Wenn diese Abhängigkeiten nicht erfüllt sind, wird beim Ladeversuch eine Fehlermeldung mit den fehlenden oder unverträglichen Modulen angezeigt. Sie können dann durch Laden oder Entfernen entsprechender Module die Konflikte lösen.

  • Entfernen können Sie den Zugriff auf ein Softwarepaket mittels des unload-Befehls:

    module unload KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION

    Dies ist auch nützlich, wenn Sie z.B. die Softwareversion wechseln möchten. Dann entfernen Sie die vorherige und laden die neue Version. Beispiel: Sie können mit module unload vis/jmol die aktuell geladene Jmol-Version entfernen und mit module load vis/jmol/11.6.17 eine andere Version laden (sofern vorhanden). Ebenso können Sie mittels module unload compiler/sun die aktuell geladene Sun Compiler Suite entfernen.

  • Zusätzliche meist sehr detaillierte Informationen zu einem Softwarepaket und wie dieses verwendet wird erhalten Sie mittels

    module help KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION

    Neben den Kommandozeilen-Befehlen der Software, z.B. jmol oder f90, enthalten die Hilfeseiten der Module auch Verweise auf weiterführende Dokumentation und Beispieldateien, z.B. Skripte für das Queuing-System. So erhalten Sie die Module-Hilfeseite von Jmol mittels der Befehle module help vis/jmol/11.8.21 oder einfacher module help vis/jmol.  Dem entsprechend zeigen die Befehle module help compiler/sun/12u1 oder auch module help compiler/sun die Modul-Hilfeseite der Sun Compiler Suite an.

  • Alle durch den Module-load Befehl hervorgerufenen Änderungen der Umgebungsvariablen des Nutzers werden von dem Befehl

    module show KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION

    angezeigt; zum Beispiel die Modifikation des Suchpfads (PATH Variable), welcher den direkten Zugriff auf die Befehle der Software ermöglicht.

  • Um die Liste aller bereits geladenen Module anzuzeigen, verwenden Sie den Befehl:

    module list

    Sie können mit diesem Befehl auch kontrollieren, ob Ihre load/unload Befehle erfolgreich waren.

  • Weitere Details und Beispiele zu dem Module-System erhalten Sie mit

    module help system/modules

Die Softwareausstattung unter Solaris und Linux unterscheidet sich. Daher werden abhängig von dem Rechner, auf dem Sie gerade eingeloggt sind, unterschiedliche Softwarepakete angezeigt. Sie können jedoch immer mittels des module avail Befehls die jeweils lokal verfügbaren Module auflisten.