Kurzbeschreibung

Die CLC Main Workbench ist ein kommerzielles Programmpaket zur Erfassung, Organisation und Analyse von DNA-, RNA- und Protein-Sequenzen sowie zu deren Visualisierung. Diese Software richtet sich speziell an Anwender aus den Bereichen Molekularbiologie und Bioinformatik.

Das Programm stellt eine integrierte Arbeitsumgebung für zahlreiche interaktive Aufgabenstellungen bereit, wie etwa Assemblierung, Klonierung, Restriktionsanalysen, Alignments, Primerdesign, BLAST uvm. Dabei erlaubt die CLC Workbench einen bequemen Zugriff auf Sequenzen aus tagesaktuellen Online-Datenbanken (z.B. NCBI GenBank).

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Verfügbarkeit an der Universität Ulm

Zielsystem/ZielgruppeVerfügbarkeit
bwUniCluster (Karlsruhe)Nein
bwForCluster JUSTUS (Ulm)Nein
kiz CUSS Linux Cluster (Ulm)Ja, nach Laden des entsprechenden Softwaremoduls (+)
kiz Linux Pools (Ulm)Ja, nach Laden des entsprechenden Softwaremoduls (+)
kiz Windows Pools (Ulm)Nein
Uni-Ulm-weiter LizenzzugriffJa, nach Installation der Software (*), Zugriff via kiz Lizenz-Server (+)
Externer LizenzzugriffJa, nach Installation der Software (*), Zugriff via VPN und kiz Lizenz-Server (+)
Softwarebezug StudierendeJa, siehe (*)
Softwarebezug MitarbeiterJa, siehe (*)

(*) Das kiz stellt Installationsmedien der CLC Main Workbench Pakete für lokale Installationen im Softwareportal zum Download bereit (vorherige Anmeldung am Hochschuldiensteportal der Universität Ulm erforderlich). Es werden Programmpakete für alle gängigen Betriebssysteme (Windows, Linux und MacOS) angeboten.

Im Universitätsnetz wird ein Lizenzmanager eingesetzt, um die Floating-Lizenzen der CLC Workbench Applikationen zur Verfügung zu stellen. Alle Rechner, die über eine Internetverbindung verfügen und am Netz der Universität Ulm betrieben werden, können auf den Lizenzserver zugreifen (siehe Abschnitt uniweiter Lizenzzugriff). Einzelplatz-Lizenzen für die CLC Workbench sind an der Universität Ulm nicht erhältlich.

(+) Insgesamt verfügt die Universität Ulm über 25 Lizenzen für die CLC Workbench (inklusive "Whole Academic Organisational Site License Agreement" für eine unbegrenzte Anzahl von Nutzern). Die Lizenzen sollten ihrem Einsatz entsprechend genutzt werden. 

Nutzungsbedingungen und Lizenzvereinbarungen

Die Lizenzen der CLC Main Workbench stehen Angehörigen der Universität Ulm im Bereich Forschung und Lehre zur Verfügung. Eine Nutzung der Lizenzen zu kommerziellen Zwecken ist nicht gestattet.

Weiterführende Dokumentation

Sehr ausführliche Dokumentationen und weiterführende Links gibt es auf der  Webseite des Anbieters:

Insbesondere stehen auf dieser Webseite auch Handbücher für die Main Workbench zum Download zur Verfügung.

Spezifische Informationen zur Installation auf den Linux-Rechnern des kiz erhalten Sie dort über das Kommando

module help bio/clc

Die CLC Workbench verfügt außerdem über eine integrierte Online-Hilfe sowie über ein einführendes Tutorial mit Beispielanwendungen. Diese sind nach dem Start des Programmes über den Menüpunkt "Hilfe" zu erreichen.

Zugriff auf Software (CUSS-Cluster, Linux-Pools)

Zur Konfiguration der Arbeitsumgebung für die CLC Main Workbench wird das Module-System eingesetzt:

module load bio/clc

Eine interaktive Sitzung mit der Main Workbench lässt sich mit dem Kommando

clcmainwb6

starten.

Beim erstmaligem Start des Programmes werden zunächst einige Beispielsequenzen, die zur Durchführung des integrierten Online-Tutorials erforderlich sind, in die Arbeitsumgebung des Anwenders kopiert. 

Um einen visuellen Eindruck von der Benutzeroberfläche zu vermitteln, wird im folgenden Bild die Darstellung einer solchen Beispielsequenz in der CLC Workbench gezeigt:

Ansprechpartner

Bitte wenden Sie sich an unseren Softwaresupport, wenn Sie weitergehende Hilfe benötigen.