Kurzbeschreibung

Das Molekularmechanik-Programm Gromacs bietet umfangreiche Möglichkeiten zur Berechnung chemischer und physikalischer Eigenschaften sehr großer molekularer Systeme. Aufgrund sehr schneller Kraftfeld-basierter Methoden können mit Gromacs sehr große Systeme bestehnd aus mehreren tausend bis hin zu Millionen von Atomen simuliert werden. Viele statistischen und thermodynamischen Eigenschaften können aus den Simulationen abgeleitet werden. Im Gegensatz zu quantenchemischen Methoden steht jedoch die elektronische Wellenfunktion nicht zur Verfügung.

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Verfügbarkeit an der Universität Ulm

Zielsystem/ZielgruppeVerfügbarkeit
bwUniCluster (Karlsruhe)Ja, nach Laden des entsprechenden Softwaremoduls
bwForCluster JUSTUS (Ulm)Ja, nach Laden des entsprechenden Softwaremoduls
kiz CUSS Linux Cluster (Ulm)Nein
kiz Linux Pools (Ulm)Nein
kiz Windows Pools (Ulm)Nein
Uni-Ulm-weiter LizenzzugriffJa, die Software kann kostenlos heruntergeladen werden
Externer LizenzzugriffJa, die Software kann kostenlos heruntergeladen werden
Softwarebezug StudierendeJa, die Software kann kostenlos heruntergeladen werden
Softwarebezug MitarbeiterJa, die Software kann kostenlos heruntergeladen werden

Nutzungsbedingungen und Lizenzvereinbarungen

Das Programm Gromacs steht under der General Public License (GPL) und kann daher von jedem kostenlos verwendet werden.

Bitte zitieren Sie in Ihren Veröffentlichungen Gromacs gemäß der Vorgabe, die Sie auf der Gromacs Webseite finden.

Uniweiter Lizenzzugriff und Softwarebezug

Sie können Gromacs kostenlos im Bereich "Download" der Gromacs Webseite herunterladen. Dort finden Sie auch eine Installationsanleitung.

Weiterführende Dokumentation

Im Bereich "Documentation" der Gromacs Webseite finden Sie eine ausführliche Dokumentation zu Gromacs.

Zugriff auf Software

Nach dem Login auf einem der oben genannten Cluster können Sie dort mittels des Befehls

module load chem/gromcas

Zugriff auf die Default-Version des Programms Gromacs erhalten. Alle verfügbaren Gromacs-Versionen werden von dem Befehl

module avail chem/gromacs

angezeigt. Detaillierte Hilfe und Beispiele für das Queueing-System erhalten Sie mittels des Befehls

module help chem/gromacs

Bitte lesen Sie den Modul-Hilfetext bevor Sie Gromacs verwenden.

Support

Bitte wenden Sie sich an unseren Softwaresupport, wenn Sie weitergehende Hilfe benötigen.