Kurzbeschreibung

Das Programm Jmol ist ein sehr umfangreiches Java-Paket zur Darstellung dreidimesionaler molekularer Koordinatendaten. Jmol kann 3D Darstellungen von Atompositionen anzeigen. Darüber hinaus kann Jmol auch Isoflächen von Elektronendichten und Orbitalen darstellen. Jmol kann mehr als 50 verschiedene Chemie-Datenformate lesen, u.a. ABINIT, ACES, ADF, Castep, CIF, CML, GAMESS, Gaussian,  Ghemical, Jaguar, MDL molfile, Molpro, NWChem, PDB, VASP, Wien2k, XYZ.

Kommunikations- und Informationszentrum (kiz)

  • Helpdesk

    Kontaktieren Sie uns bei Fragen und Problemen zu den Services des kiz:
    Mo - Fr  8 - 18 Uhr
    +49 (0)731/50-30000
    helpdesk(at)uni-ulm.de
    Kundenportal
    [mehr]

  • Service-Points

    An den Service-Points können Sie uns persönlich aufsuchen.
    [mehr]

  • Identitätsmanagement

    Self Service Funktionen des Identitätsmanagementsystems (IDM):

    • Berechtigungen verwalten
    • Dienste abonnieren
    • Passwörter ändern
    • ...

    IDM Self Services
    [mehr]

  • Literatursuche

  • kiz von A bis Z

    Etwa 400 Stichwörter führen Sie direkt zu einer einschlägigen Web-Seite des kiz.
    A-Z-Liste
    Wenn Sie ein Stichwort vermissen, geben Sie uns Nachricht: Redaktion

Verfügbarkeit an der Universität Ulm

Zielsystem/ZielgruppeVerfügbarkeit
bwUniCluster (Karlsruhe)Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls
bwForCluster JUSTUS (Ulm)Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls
kiz CUSS Linux Cluster (Ulm)Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls
kiz Linux Pools (Ulm)Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls
kiz Windows Pools (Ulm)Nein
Uni-Ulm-weiter LizenzzugriffJa, freie Software (LGPL)
Externer LizenzzugriffJa, freie Software  (LGPL)
Softwarebezug StudierendeJa, freie Software (LGPL)
Softwarebezug MitarbeiterJa, freie Software  (LGPL)

Nutzungsbedingungen und Lizenzvereinbarungen

Jmol ist unter der LGPL (GNU Lesser General Public License) lizensiert und kann daher von jedem kostenlos verwendet werden.

Weiterführende Dokumentation

Der Bereich "Documentation" der Jmol Webseite enthält ausführliche Dokumente zu Jmol.

Uniweiter Lizenzzugriff und Softwarebezug

Sie können das Programm kostenlos im Bereich "Download" der Jmol Webseite  herunterladen. Der Download Bereich enthält auch eine Installationsanleitung.

Zugriff auf Software

Nach dem Login auf einem der oben genannten Cluster oder Pools können Sie mittels des Befehls

module load chem/jmol

Zugriff auf die Default-Version des Programms Jmol erhalten.  Nach dem Laden des Moduls können Sie mit dem Befehl

jmol

das Programm starten. Wenn Sie sich remote per ssh eingeloggt haben, muss X-Forwarding aktiviert sein. Allerdings ist die Remote-Visualisierung via X-Forwarding sehr langsam. Flüssiger ist die Darstellung in einer Remote-Desktop-Anwendung, wie etwa VNC.

Bitte lesen Sie den Modul-Hilfetext bevor Sie Jmol verwenden. Diesen Hilfetext erhalten Sie mittels des Befehls

module help chem/jmol

Alle verfügbaren Jmol-Versionen werden von dem Befehl

module avail chem/jmol

angezeigt.

Support

Bitte wenden Sie sich an unseren Softwaresupport, wenn Sie weitergehende Hilfe benötigen.