Kurzbeschreibung

Das Programm VMD ist ein sehr umfangreiches Paket zur Darstellung molekularer Daten. Die Stärke von VMD liegen bei sehr großen Systemen mit tausenden von Atomen und Trajektorien. Darüber hinaus kann VMD auch Isoflächen von Elektronendichten und Orbitalen darstellen. VMD kann die Dateien von mehr als 50 verschiedenen Chemieprogrammen lesen, u.a. AMBER, CHARMM, CPMD, GAMESS, Gaussian Cube, Gromacs, LAMMPS, NAMD, NetCDF, PDB, VASP.

Kommunikations- und Informationszentrum (kiz)

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    IDM Self Services
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Verfügbarkeit an der Universität Ulm

Zielsystem/ZielgruppeVerfügbarkeit
bwUniCluster (Karlsruhe)Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls
bwForCluster JUSTUS (Ulm)Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls
kiz CUSS Linux Cluster (Ulm)Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls
kiz Linux Pools (Ulm)Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls
kiz Windows Pools (Ulm)Nein
Uni-Ulm-weiter LizenzzugriffJa, Software kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden
Externer LizenzzugriffJa, Software kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden
Softwarebezug StudierendeJa, Software kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden
Softwarebezug MitarbeiterJa, Software kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden

Nutzungsbedingungen und Lizenzvereinbarungen

Die VMD Lizenz erlaubt eine kostenlose Nutzung im Rahmen von Forschung und Lehre.

Uniweiter Lizenzzugriff und Softwarebezug

Nach Registrierung können Sie das Programm kostenlos im Bereich "Download" der VMD Webseite herunterladen. Der Bereich "Downloads" enthällt auch eine Installationsanleitung.

Weiterführende Dokumentation

Der Bereich "VMD Manuals" der VMD Webseite enthält ausführliche Dokumente zu VMD.

Zugriff auf Software

Nach dem Login auf einem Rechner der oben genannten Cluster oder Linux Pools können Sie mittels des Befehls

module load chem/vmd

Zugriff auf die Default-Version des Programms VMD erhalten. Nach dem Laden können Sie mit

vmd

das Programm starten. Wenn Sie via ssh remote auf die Software zugreifen, dann müssen Sie X-Forwarding ("ssh -X") aktivieren (sehr langsam). Deutlich schneller ist jedoch der Zugriff via Remote-Desktop-Anwendung "VNC".

Alle verfügbaren VMD-Versionen werden von dem Befehl

module avail chem/vmd

angezeigt. Eine ausführliche Hilfe erhalten Sie mittels des Befehls

module help chem/vmd

Bitte lesen Sie den Modul-Hilfetext bevor Sie VMD verwenden.

Support

Bitte wenden Sie sich an unseren Softwaresupport, wenn Sie weitergehende Hilfe benötigen.