Zugriff auf Software: CUSS Linux Cluster + Linux Pools

Softwarepakete werden am CUSS Linux Cluster und auf den Linux Pool Computern mittels des Module-Systems bereitgestellt. Um mit dem Module-System zu arbeiten, benötigen Sie auf den Linux Pool Computern ein Terminalprogramm (Kommandozeilenfenster), z.B. xterm oder konsole. Der Zugriff auf die Server des CUSS Compute Clusters erfolgt remote mittels des Befehls ssh (unter Linux) bzw. PuTTY (unter Windows):

  • Voraussetzung (kiz Unix Account): Um sich auf den Rechnern des kiz einloggen zu können, benötigen Sie einen kiz Unix Account. Dieser ist nur im "Vollpaket" der "Account-Pakete" enthalten. Nach erfolgtem Antrag erhalten Sie einen Benutzernamen "USERNAME" und ein Passwort. Angestellte müssen den kiz Unix Account explizit beantragt, Studierende erhalten den Account automatisch.
  • Auf den Linux-Poolcomputern des kiz können Sie sich mit Ihrem Unix Account vor Ort einloggen. Dann öffnen Sie ein lokales Konsole-Fenster (Terminal-Programm) z.B. über das K-Menü (wenn Sie KDE als Desktop einsetzen). Das K-Menü finden Sie unter openSUSE/KDE indem Sie auf das grüne Chamäleon (in der Regel unten links) klicken. Es öffnet sich darauf hin ein Menü in dem Sie dann "Terminal Programm" oder "Konsole" oder "XTerm" auswählen. Zu finden sind diese Programme im Hauptmenü oder im Menü-Baum unter Software -> Applikationen -> System -> Konsole.
  • Auf Ihrem eigenen Linux-Rechner können Sie den Kommandozeilen-Befehl ssh verwenden, um sich auf einem der CUSS Compute Server remote einzuloggen. Auch hier öffnen Sie zunächst lokal ein Konsole-Fenster und geben dann z.B. ssh -l USERNAME zeus.rz.uni-ulm.de ein. Für grafische Anwendungen (z.B. Visualisierungs- oder GUI-Programme) ist die Aktivierung von X-Forwarding (z.B. ssh -X -l USERNAME zeus.rz.uni-ulm.de) und eine schnelle Netzwerk-Verbindung zum Server notwendig. Wenn das zu langsam ist kann man alternativ die Remote-Desktop Anwendung "VNC" (aus Sicherheitsgründen über ssh getunnelt) nutzen, um mit grafischen Anwendungen zu arbeiten.
  • Auf Ihrem eigenen Windows-Computer können Sie mittels PuTTY eine Verbindung zu den Rechnern des CUSS Compute Clusters aufbauen. Unter Windows ist X-Forwarding leider deutlich komplizierter und wird hier daher nicht beschrieben. Für den Remote-Zugriff auf grafische Anwendungen ist vermutlich die Verwendung der Remote-Desktop Anwendung VNC (aus Sicherheitsgründen über PuTTY getunnelt) die bessere Lösung. Wir empfehlen für die Arbeit am CUSS die Verwendung von Linux.

Der CUSS Compute Cluster, die kiz Linux Pool Computer, der bwUniCluster und die bwForCluster verwenden zur Verwaltung von wissenschaftlicher Software alle das gleiche Module-System.

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Syntax der Module-Befehle (CUSS Linux Cluster und Linux Pool Computer)

Die Module-Befehle stehen auf der Kommandozeile des CUSS Linux Clusters (Login Node zeus.rz.uni-ulm.de) und der Linux Pool Computern zur Verfügung. Im Weiteren folgt eine kurze Beschreibung der wichtigsten Befehle.

  • Zur Anzeige aller verfügbaren Softwarepakete und Versionen verwenden Sie den Befehl

    module avail

  • Sie können die angezeigten Softwarepakete auf eine bestimmte Kategorie einschränken:

    module avail KATEGORIE

    Einige wesentliche Kategorieen sind: compiler, debugger, devel, mpi, numlib, lib, bio, cae, chem, cs, math, phys, vis und misc. Zum Beispiel werden mittels des Befehls module avail vis alle verfügbaren Visualisierungsprogramme und mittels module avail compiler alle verfügbaren Compiler angezeigt. Es befindet sich nicht zwingend in jeder Kategorien auch Software. Wenn Sie nicht wissen, welche Kategorie Sie interessiert, oder wenn Sie alle verfügbaren Kategorien sehen möchten, dann verwenden Sie bitte einfach den Befehl module avail.

  • Eine Liste aller Softwarepakete mit jeweils kurzen Beschreibungen erhalten Sie mit

    module whatis

  • Um ein bestimmtes Softwarepaket zu laden und die Befehle und Umgebungsvariablen der Software auf der Kommandozeile zugänglich zu machen, verwenden Sie den Befehl

    module load KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION

    Die entsprechenden Softwarenamen und Versionen werden von dem module avail Befehl angezeigt. Zum Beispiel wird der Zugriff auf Version 14.0 der Intel-Compilers Suite miittels des Befehls module load compiler/intel/14.0 ermöglicht.

  • Wenn Sie den load-Befehl ohne Angabe der VERSION ausführen

    module load KATEGORIE/SOFTWARENAME

    wird die entsprechende Default-Version geladen. Wenn nicht anders angegeben ist die Default-Version die neueste Version der Software. Beispielsweise lädt der Befehl module load compiler/intel die Default-Version der Intel Compiler Suite.

  • Manche Module sind von anderen abhängig. Wenn diese Abhängigkeiten nicht erfüllt sind (z.B. wenn die benötigten Module noch nicht geladen sind), wird beim Ladeversuch eine Fehlermeldung mit den fehlenden oder unverträglichen Modulen angezeigt. Sie können dann durch Laden oder Entfernen entsprechender Module die Konflikte lösen. Es gibt einige (neuere) Module, die abhängige Module automatisch nachladen. Zum Beispiel wird vom Befehl module load chem/gaussview automatisch das abhängige Modul module load chem/gaussian geladen.

  • Entfernen können Sie den Zugriff auf ein Softwarepaket mittels des unload-Befehls:

    module unload KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION

    Dies ist auch nützlich, wenn Sie z.B. die Softwareversion wechseln möchten. Dann entfernen Sie die vorherige und laden die neue Version. Beispiel: Sie können mit module unload compiler/intel die aktuell geladene Intel-Compiler-Version entfernen und mit module load compiler/intel/15.0 eine andere Version laden (sofern vorhanden).

  • Zusätzliche meist sehr detaillierte Informationen zu einem Softwarepaket und wie dieses verwendet wird erhalten Sie mittels

    module help KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION

    Neben einer kurzen Beschreibung der Kommandozeilen-Befehlen der Software, z.B. ifort oder icc, enthalten die Hilfeseiten der Module auch Verweise auf weiterführende Dokumentation und Beispieldateien, z.B. Skripte für das Queuing-System. Die Module-Hilfeseite der Version 14.0 der Intel-Compiler Suite wird mittels der Befehle module help compiler/intel/14.0 angezeigt. Für die Default-Version gilt entsprechend module help compiler/intel.

  • Alle durch den Module-load Befehl hervorgerufenen Änderungen der Umgebungsvariablen des Nutzers werden von dem Befehl

    module show KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION

    angezeigt; zum Beispiel die Modifikation des Suchpfads (PATH Variable), welcher den direkten Zugriff auf die Befehle der Software ermöglicht.

  • Um die Liste aller bereits geladenen Module anzuzeigen, verwenden Sie den Befehl:

    module list

    Sie können mit diesem Befehl auch kontrollieren, ob Ihre load/unload Befehle erfolgreich waren.

  • Weitere Details und Beispiele zu dem Module-System erhalten Sie mit

    module help system/modules

Die Softwareausstattung unter Solaris und Linux unterscheidet sich deutlich (Solaris wird nicht mehr aktualisiert / unterstützt). Daher werden abhängig von dem Rechner, auf dem Sie gerade eingeloggt sind, unterschiedliche Softwarepakete angezeigt. Sie können jedoch immer mittels des module avail Befehls die jeweils lokal verfügbaren Module auflisten.