Manuel Sebastian Haupt zählt zu den vielseitigen Chor- und Orchesterdirigenten seiner Generation. Nach dem Schulmusik-Studium mit Leistungsfach Dirigieren sowie Trompete, Klavier und Gesang an der Staatlichen Hochschule für Musik Trossingen folgte ein Aufbaustudium "Künstlerische Ausbildung Dirigieren" bei Professor Manfred Schreier, welches er mit dem Dirigier-Diplom mit Bestnote abschloss.  Bereits während des Studiums unterrichtete er Chorleitung an der Musikhochschule und arbeitete mit den professionellen Hochschulensembles sowie dem "Ensemble Polyphonie T". Kurse und Unterricht bei Michael Alber, Johannes Klumpp, Simone Häcker-Brune, Wolfgang Kläsener und Clytus Gottwald rundeten seine Ausbildung ab.

Er dirigierte Aufführungen zahlreicher Oratorien, symphonischer Literatur sowie einer großen Auswahl an A-cappella-Literatur, darunter auch moderne und zeitgenössische Kompositionen sowie Uraufführungen, u.a. in seiner Funktion als Gründer und Künstlerischer Leiter des "Jungen Kammerchores Ulm". Er konzertierte mehrfach beim Festival für Neue Musik in Mühlheim "Utopie jetzt!", dem renommierten "Festival für europäische Kirchenmusik" in Schwäbisch Gmünd, den Donaueschinger Musiktagen sowie bei Engagements im Inland, unter anderem mit Helmuth Rilling und der Gächinger Kantorei - die CD-Produktion wurde mit dem ECHO Klassik 2008 ausgezeichnet  - sowie in mehreren europäischen Hauptstädten.

Er dirigierte verschiedene etablierte Chöre und Orchester, wie das Concerto Tübingen, das Vokalensemble Trossingen, das Collegium Musicum Ulm, das Süddeutsche Bläserensemble, den Jungen Kammerchor Ulm, das Collegium Musicum Besigheim, den Kammerchor der Universität Ulm, das Ensemble Polyphonie T, das Junge Kammerorchester Ulm, den Universitätschor Ulm sowie im Rahmen des Dirigentenforums des Deutschen Musikrates das Ensemberlino Vocale. Eine enge Zusammenarbeit verbindet ihn mit Mitgliedern des Philharmonischen Orchesters der Stadt Ulm und des Radiosinfonieorchesters Stuttgart.

Auch als Sänger ist er in der professionellen Szene Süddeutschlands tätig und weiß so besonders gut um die Belange leistungsorientierter Chöre. Er wirkte bei Aufführungen zahlreicher Werke der Neuen Musik  mit, so von Dieter Schnebel, Ulrich Gasser (Radioproduktion) György Ligeti, Hans Zender, Georg Friedrich Haas, Helmut Lachenmann, Sven­-Ingo Koch, Heinz Holliger, Sofia Gubaidulina (Deutsche Erstaufführung der Johannespassion) und Wolfgang Rhim. Von Sommersemester 2011 bis Sommersemester 2012 arbeitete er mit dem Universitätschor Ulm und dirigierte diesen bei Konzerten in verschiedenen deutschen Städten. Seit Wintersemester 12/13 ist er Künstlerischer Leiter des "Kammerchores der Universität Ulm".