Manuel Sebastian Haupt zählt zu den vielseitigen Chor- und Orchesterdirigenten seiner Generation. Nach dem Schulmusik-Studium mit Leistungsfach Dirigieren sowie Trompete, Klavier und Gesang an der Staatlichen Hochschule für Musik Trossingen folgte ein AufbaustudiumKünstlerische Ausbildung Dirigieren bei Professor Manfred Schreier, welches er 2011 mit dem Dirigier-Diplom mit Bestnote abschloss. Bereits während des Studiums unterrichtete er Chorleitung an der Musikhochschule und arbeitete mit den professionellen Hochschulensembles sowie dem Ensemble Polyphonie T. Meisterkurse und Hospitationen bei Michael Alber, Frieder Bernius, Clytus Gottwald, Simone Häcker-Brune, Wolfgang Kläsener, Thomas Hampson und Brigitte Fassbaender rundeten seine Ausbildung ab. Von 2014-2017 absolvierte er ein weiteres künstlerisches Aufbaustudium im Fach Gesang/Gesangspädagogik an der Hochschule für Kirchenmusik Rottenburg-Stuttgart und wirkt seither in zunehmendem Maße auch als Gesangspädagoge und Bass-Solist.

Er leitete Aufführungen zahlreicher Oratorien, symphonischer Literatur sowie einer großen Auswahl an A-cappella-Literatur, darunter auch moderne und zeitgenössische Kompositionen sowie Uraufführungen, u.a. in seiner Funktion als Gründer und Künstlerischer Leiter des Kammerchores der Universität Ulm. Er konzertierte mehrfach beim Festival für Neue Musik Utopie jetzt! in Mühlheim, dem Festival für europäische Kirchenmusik in Schwäbisch Gmünd, den Donaueschinger Musiktagen sowie bei Engagements im Inland, unter anderem mit Helmuth Rilling und der Gächinger Kantorei - die CD-Produktion wurde mit dem ECHO Klassik ausgezeichnet - sowie in mehreren europäischen Hauptstädten.

Er dirigierte verschiedene etablierte Chöre und Orchester, wie das Hochschulorchester und den Hochschulchor Trossingen, das Collegium Musicum Ulm, den Chor der Hochschule Neu-Ulm, das Süddeutsche Bläserensemble, das Vokalensemble Trossingen, das Collegium Musicum Besigheim, das Ensemble Polyphonie T, den Universitätschor Ulm, denKammerchor der Hochschule für Musik Trossingen, das Ensemberlino Vocale, den Kammerchor der Hochschule für Musik Stuttgart, das Kammerorchester Ulm aus Mitgliedern des Philharmonischen Orchesters der Stadt Ulm sowie die Kammerphilharmonie Bodensee-Oberschwaben.

Auch als Sänger ist er in der professionellen Szene Süddeutschlands tätig und weiß so besonders gut um die Belange leistungsorientierter Chöre. Er wirkte bei Aufführungen zahlreicher Werke der Neuen Musik mit, so von Dieter Schnebel, Ulrich Gasser (Radioproduktion), György Ligeti, Hans Zender, Georg Friedrich Haas, Helmut Lachenmann, Sven-Ingo Koch, Heinz Holliger, Sofia Gubaidulina (Deutsche Erstaufführung der Johannespassion) und Wolfgang Rhim. 

Er ist Dirigent des Jungen Konzertchores Ulm und des Ulmer Kammerchores. Von 2011 bis Sommersemester 2012 arbeitete er mit dem Universitätschor Ulm und dirigierte diesen bei Konzerten in verschiedenen deutschen Städten. Seit 2012 ist er Künstlerischer Leiter des Kammerchores der Universität Ulm und Mitglied des Musischen Zentrums der Universität. Seit 2015 leitet er die Chorabteilung der Sing- und Musikschule Kempten und seit 2016 zudem das dortige Jugendsinfonieorchester.