Hauptseminar Bioinformatik

Ankündigung

Das Seminar wird je nach Teilnehmerzahl entweder als Blockseminar oder wöchentlich abgehalten, Termin nach Absprache. Am Dienstag, den 15. April um 14:15 Uhr findet in O27/531 eine Vorbesprechung statt.
Die Themen werden nach dem "first come - first serve" Prinzip vergeben. Bei Interesse email an Martin Bader, oder einfach mal vorbeischauen (O27/508) - ich gebe gerne nähere Informationen zu den einzelnen Themen.

Inhalt

In diesem Seminar sollen ergänzend zu den Bioinformatik-Vorlesungen grundlegende Themen der Bioinformatik sowie einige neuere Forschungsergebnisse vorgestellt werden. Ein Besuch der Bioinformatik-Vorlesungen ist jedoch nicht Voraussetzung für das Seminar, (fast) alle Themen können auch ohne Grundkenntnisse in Bioinformatik bearbeitet werden.

  • Biologische Einführung
  • Multiples Alignment
  • BLAST
  • Inverses Alignment
  • Sorting by Transpositions
  • Sorting by Translocations, Inversions, and Block Interchanges
  • Der Reversal-Median ist NP-hart
  • Phylogenetische Rekonstruktion basierend auf der Inversionsdistanz
  • RNA-Sekundärstrukturvorhersage ohne Pseudoknoten
  • RNA-Sekundärstrukturvorhersage mit Pseudoknoten
  • Enhanced Suffix Arrays
  • Lempel-Ziv Faktorisierung mit Suffix Arrays
  • Compressed Suffix Arrays

Vorlesungszeiten

nach Vereinbarung

Hauptseminar Bioinformatik

Ankündigung

Das Seminar wird je nach Teilnehmerzahl entweder als Blockseminar oder wöchentlich abgehalten, Termin nach Absprache. Am Dienstag, den 15. April um 14:15 Uhr findet in O27/531 eine Vorbesprechung statt.
Die Themen werden nach dem "first come - first serve" Prinzip vergeben. Bei Interesse email an Martin Bader, oder einfach mal vorbeischauen (O27/508) - ich gebe gerne nähere Informationen zu den einzelnen Themen.

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nach Vereinbarung

Inhalt

In diesem Seminar sollen ergänzend zu den Bioinformatik-Vorlesungen grundlegende Themen der Bioinformatik sowie einige neuere Forschungsergebnisse vorgestellt werden. Ein Besuch der Bioinformatik-Vorlesungen ist jedoch nicht Voraussetzung für das Seminar, (fast) alle Themen können auch ohne Grundkenntnisse in Bioinformatik bearbeitet werden.

  • Biologische Einführung
  • Multiples Alignment
  • BLAST
  • Inverses Alignment
  • Sorting by Transpositions
  • Sorting by Translocations, Inversions, and Block Interchanges
  • Der Reversal-Median ist NP-hart
  • Phylogenetische Rekonstruktion basierend auf der Inversionsdistanz
  • RNA-Sekundärstrukturvorhersage ohne Pseudoknoten
  • RNA-Sekundärstrukturvorhersage mit Pseudoknoten
  • Enhanced Suffix Arrays
  • Lempel-Ziv Faktorisierung mit Suffix Arrays
  • Compressed Suffix Arrays