Algorithmen der Bioinformatik

Klausureinsicht

Die Klausureinsicht findet am Freitag, den 20. April von 9:00 - 10:00 Uhr im Raum O27/531 statt.

Schauen Sie bitte spätestens am Donnerstag Abend nochmal auf die Webseite, falls sich am Termin noch etwas ändert.

Inhalt

Der rapide anwachsende Umfang an Daten in der Molekularbiologie stellt eine beträchtliche Herausforderung für die Informatik dar. Es gilt umfangreiche und unstrukturierte Daten zu analysieren. Im Vordergrund der Vorlesung stehen die Entwicklung von (formalen) Modellen und effizienten Algorithmen.

Themen:

  1. Alignments
  2. Phylogenetische Rekonstruktion
  3. Hidden Markov Models (HMMs)


Literatur

  • P. Baldi, S. Brunak, Bioinformatics: The Machine Learning Approach, MIT Press, 1998.
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, Biological Sequence Analysis, Cambridge University Press, 1998.
  • D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.
  • T. Lengauer (Ed.), Bioinformatics-From Genomes to Drugs, Wiley-VCH, 2002.
  • D. Mount, Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.
  • P.A. Pevzner, Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach, MIT Press, 2000.
  • J. Setubal, J. Meidanis, Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
  • M.J.E. Sternberg (Ed.), Protein Structure Prediction: A Practical Approach, Oxford University Press, 1996.
  • M.S. Waterman, Introduction to Computational Biology, Chapman Hall, 1995.

Vorlesungszeiten

Mittwoch 10-12 Uhr in H21

Freitag 10-12 Uhr in H21

Übungsleiter

Adrian Kügel

Übungszeiten

Die Übung findet im Wechsel mit der Vorlesung statt.

Weitere Informationen

LSF-Eintrag

Algorithmen der Bioinformatik

Vorlesungszeiten

Mittwoch 10-12 Uhr in H21

Freitag 10-12 Uhr in H21

Klausureinsicht

Die Klausureinsicht findet am Freitag, den 20. April von 9:00 - 10:00 Uhr im Raum O27/531 statt.

Schauen Sie bitte spätestens am Donnerstag Abend nochmal auf die Webseite, falls sich am Termin noch etwas ändert.

Übungsleiter

Adrian Kügel

Inhalt

Der rapide anwachsende Umfang an Daten in der Molekularbiologie stellt eine beträchtliche Herausforderung für die Informatik dar. Es gilt umfangreiche und unstrukturierte Daten zu analysieren. Im Vordergrund der Vorlesung stehen die Entwicklung von (formalen) Modellen und effizienten Algorithmen.

Themen:

  1. Alignments
  2. Phylogenetische Rekonstruktion
  3. Hidden Markov Models (HMMs)


Übungszeiten

Die Übung findet im Wechsel mit der Vorlesung statt.

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Literatur

  • P. Baldi, S. Brunak, Bioinformatics: The Machine Learning Approach, MIT Press, 1998.
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, Biological Sequence Analysis, Cambridge University Press, 1998.
  • D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.
  • T. Lengauer (Ed.), Bioinformatics-From Genomes to Drugs, Wiley-VCH, 2002.
  • D. Mount, Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.
  • P.A. Pevzner, Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach, MIT Press, 2000.
  • J. Setubal, J. Meidanis, Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
  • M.J.E. Sternberg (Ed.), Protein Structure Prediction: A Practical Approach, Oxford University Press, 1996.
  • M.S. Waterman, Introduction to Computational Biology, Chapman Hall, 1995.