Das NMZU setzt Schwerpunkte in der Beratung, Diagnostik, Pathogenese und Therapie der motorischen Systemerkrankungen (Amyotrophe Lateralsklerose ALS, Kennedy-Syndrom, hereditäre spastische Spinalparalyse HSP) und der Muskelkanalopathien (Myotonien, periodische Paralysen und Maligne Hyperthermie). Das NMZU bietet eine Muskelsprechstunde im Rahmen der Hochschulambulanz, mehrere Spezialsprechstunden sowie Beratungsdienste und ein klinisches Studienzentrum. Es organisiert regelmäßig Muskelkolloquien, bei denen Fallbeispiele interdisziplinär und mit Beteiligung niedergelassener Ärzte aus der Region diskutiert werden.