Als zentrale wissenschaftliche Einrichtung der Universität Ulm besitzt das Tierforschungszentrum eine Erlaubnis zur Zucht und Haltung von verschiedenen Versuchstierarten gem. § 11 Abs. 1 Nr. 1a und b TSchG. Die Haltung der Tiere erfolgt entsprechend rechtlicher Vorgaben in Tierräumen, die bezüglich Raumklima, Belichtung und Hygiene hohen Anforderungen entsprechen und berücksichtigt die spezifischen Bedürfnisse der jeweiligen Tierart.

Die zunehmende Diskussion um das Wohlbefinden der Versuchstiere in Zucht, Haltung und Experiment hat in der Vergangenheit zu einer vermehrten Erforschung des Verhaltens der Versuchstiere und ihrer Interaktion mit der Haltungsumwelt geführt. Es standen jahrzehntelang die Bemühungen um eine zunehmende Standardisierung der Versuchstierhaltung und die Erforschung der Physiologie der Versuchstiere im Vordergrund des Interesses. Mit Erfolg. Gleichbleibend hohe Standards haben die Präzision und Validität der Versuchsergebnisse vergleichsweise stark erhöht, einige Haltungsstandards wurden zum Wohl der Tiere modifiziert.

Die Haltung von Versuchstieren hinter standardisierten hygienischen Barrieren ist ein weiterer Aspekt, der dem Wohlergehen der Versuchstiere dient und im TFZ eine wesentliche Rolle spielt. Die Mehrheit unserer Versuchstiere lebt hinter einer solchen Barriere, die bei einem verantwortungsvollen Verhalten von Nutzern und Tierpflegern das Einbringen von pathogenen Mikroorganismen verhindert. Dies ist sowohl tierschutzrelevant als auch notwendige Voraussetzung dafür, dass tierexperimentelle Forschungsarbeit ohne beeinträchtigende Außenfaktoren durchgeführt werden kann. Die Tierhaltungen werden regelmäßig mikrobiologisch überwacht, um ein akzidentelles Einbringen von Pathogenen frühzeitig zu erkennen und ggf. entsprechende Maßnahmen zu ergreifen. Die höchste Form der hygienischen Barriere stellt die Haltung keimfreier bzw. gnotobiotischer Versuchstiere dar, die frei von allen nachweisbaren Formen von Mikroorganismen sind und in den letzten Jahren im TFZ wieder stark an Bedeutung gewonnen hat. Bei Versuchstieren mit konventionellem Hygienestatus (z.B. landwirtschaftliche Nutztiere) ist dieser vergleichsweise hohe Hygienestand nicht gewährleistet.

Das Tierforschungszentrum betreibt Haltungsbereiche für unterschiedliche hygienische Kategorien. Die Leiter tierexperimenteller Forschungsvorhaben sollten sich bereits während der Planung ihres Projekts mit den Mitarbeitern des TFZ in Verbindung setzen, um entsprechende Details zu klären. Im TFZ werden zudem überwiegend gentechnisch veränderte Mauslinien gehalten und gezüchtet. Abhängig von der jeweiligen Linie sind teilweise differenzierte Zuchtschemata erforderlich. Diese sind mit den Mitarbeitern des TFZ abzusprechen. Zusätzlich zu den vom Gentechnikgesetz vorgeschriebenen Bestimmungen ist für jede Transgenlinie das Formular Transgenblatt auszufüllen, aus dem u.a. die Charakteristika der jeweiligen Linie erkenntlich sind.