Die WWF gliedert sich in mehrere Werkstattbereiche mit unterschiedlichen Spezialisierungen.

Für grundsätzliche Fragen im Zusammenhang mit der Wissenschaftlichen Werkstatt ist laut VBO die Werkstattkommission zuständig.

Aufgabe der Wissenschaftlichen Werkstatt ist die Entwicklung und die Fertigung von nichtkäuflichen wissenschaftlichen Geräten für Lehre und Forschung, die im Auftrag und in engem Kontakt mit Nutzern meist einzeln hergestellt werden.
Dazu gehören auch:

• Beschaffung und Lagerhaltung von Material und Werkzeug für Zwecke der Wissenschaftlichen Werkstatt,
• Beratung der Nutzer bei der Entwicklung wissenschaftlicher Geräte, auch wenn sie nicht in der Wissenschaftlichen Werkstatt hergestellt werden,
• Betreuung der Auszubildenden
• Stellungnahme zu Beschaffungsanträgen für Materialbearbeitungsmaschinen und -anlagen, wenn deren Preis über Eur 25.000,-- liegt.