Projekt Algorithm Engineering (Sequenzanalyse)

• Gute Programmierkenntnisse
• Optional: Vorlesung Sequenzanalyse

Die Themen sollen - je nach Umfang - alleine oder in Gruppen mit bis zu drei Studierenden bearbeitet werden. Die Themen stammen aus dem Bereich der Sequenzanalyse. Eine vorläufige Themenliste besteht aus:

• Blockwahl in einer getunnelten BWT
• Textindizierung mit einer getunnelten BWT
• Komprimierte implizite deBruijn - Graphen

Selbstverständlich können auch eigene Themen vorgeschlagen werden.

Folien zu getunnelter BWT

Themenübersicht

Referenzimplementierung

In diesem Projekt soll die Technik des "Tunneln" einer BWT näher untersucht werden. Hierzu soll eine existierende Implementierung modifiziert werden, sodass sie auf die verschiedenen Anwendungszwecke anwendbar ist bzw. alternative Ansätze und Heuristiken getestet und dokumentiert werden.

Als Programmiersprache ist C++ vorgesehen.