Frequently Asked Questions
Bei Bedarf können Sie neben einem Ausdruck des Massenspektrums die Daten der Spektren entweder im ASCII-Format (zum Einlesen in Datenverarbeitungsprogramme wie EXCEL, ORIGIN o.ä.) oder als Bitmap der Originalabbildung (für die Weiterverarbeitung in entsprechenden Grafikprogrammen) erhalten.
Auskünfte über Struktur, Sequenz, Untereinheiten, biologische Aktivitäten, chemische Reaktivitäten, pH-Wert, bekannte oder vermutete Verunreinigungen und passende Lösungsmittel erleichtern das Handling der Proben und beschleunigen die Meßdauer. Bitte machen Sie falls erforderlich auch Angaben über möglicherweise vorhandene Risiken wie hohe Toxizität, Cancerogenität oder Radioaktivität. Vor der Präparation von empfindlichen Proben (Lagerstabilität < 24h) sollte unbedingt eine Terminabsprache getroffen werden. Nur so kann Meßzeit reserviert werden, um solche Proben möglichst umgehend zu vermessen.
Wenn Sie Gelbanden abgeben möchten, färben Sie Ihre Gele bitte mit Coomassie Blau oder mit einer Silberfärbung ohne Vernetzungsreagenz (wie beispielsweise Glutardialdehyd), hierzu können Sie die Protokolle von uns erhalten. Ebenfalls geeignet sind Zn-Imidazol oder Cu-Färbung.
Im Zweifelsfall ist es im Fall von Proteinidentifizierungen manchmal besser, von einer sauberen Gelbande auszugehen.
Die MALDI-MS erlaubt auch die Aufnahme von Massenspektren aus Gemischen, dies bedeutet jedoch nicht, das wir die Proben direkt aus dem Zelllysat messen können. Bitte versuchen Sie einigermaßen saubere Proben zur Messung abzugeben.
Bitte versuchen Sie Puffer mit ionischen Detergenzien (wie z.B. SDS, CHAPS, LDAO) oder schwerflüchtige Lösungsmittel wie z.B. DMSO zu vermeiden. Ebenfalls kritisch sind Glyzerin, Tween, Triton oder PEG, da diese die Kristallisation der Matrix behindern. Häufig ergeben diese Substanzen auch selbst Ionensignale im Sättigungsbereich des Detektors, da sie bereits eine Ladung tragen oder sich leicht ionisieren lassen. Salze wie Natriumchlorid, Phosphate, Tris oder auch Harnstoff sind in der Regel weniger kritisch.
Sollten solche obengenannten Chemikalien unabdingbar für die Probenaufarbeitung sein, müssen sie durch Reinigungsschritte entfernt werden! Wenn immer möglich, benutzen Sie bitte flüchtige Salze wie Ammoniumformiat, Ammoniumacetat, Ammoniumhydrogencarbonat. Flüchtige Lösungsmittel wie Wasser, Acetonitril, Methanol etc. sind zur Probenpräparation geeignet. Wenn immer möglich, säuern Sie ihre Proben an. Dafür sind leicht flüchtige organische Säuren wie Essigsäure oder Trifluoressigsäure geeignet.
Die Konzentration für Proteine sollte 10-100 pMol/ul liegen, bei einem Mindestvolumen von 5 ul. Für Peptide, Oligosaccheride sowie Oligonukleotide bei 10-50 pMol/ul, ebenfalls in mindestens 5 ul Lösung. Dabei gilt immer: lieber etwas konzentriertere Proben als große Volumina. Glykopeptide werden erfahrungsgemäß etwas weniger empfindlich detektiert, deshalb hier lieber etwas mehr. Bei Probenlösungen mit geringerer Konzentration können die Ionenströme die Nachweisgrenze der Detektoren unterschreiten. Geben Sie bitte bei gefriergetrockneten Proben Einwaagegewicht und erwartetes Molgewicht an.