Manuel Sebastian Haupt zählt zu den vielseitigen Chor- und Orchesterdirigenten seiner Generation. Nach dem Schulmusik-Studium mit Leistungsfach Dirigieren sowie Trompete, Klavier und Gesang an der Staatlichen Hochschule für Musik Trossingen folgte ein Aufbaustudium Künstlerische Ausbildung Dirigieren bei Prof. Manfred Schreier, welches er 2011 mit dem Dirigier-Diplom mit Bestnote abschloss. Bereits während des Studiums unterrichtete er Chorleitung an der Musikhochschule und dirigierte die Hochschulensembles in zahlreichen Konzerten.
Von 2014-2017 absolvierte er ein weiteres künstlerisches Aufbaustudium im Fach Gesang/Gesangspädagogik an der Hochschule für Kirchenmusik Rottenburg-Stuttgart bei der Mezzosopranistin Christine Müller und wirkt seither in zunehmendem Maße auch als Gesangspädagoge und Bass-Solist. Meisterkurse und Hospitationen bei renommierten Persönlichkeiten wie Michael Alber, Frieder Bernius, Robert Göstl, Clytus Gottwald, Thomas Hampson und Brigitte Fassbaender rundeten seine Ausbildung ab.

Manuel Haupt ist Leiter des Chorbereichs am Musischen Zentrum der Universität Ulm. Als Dirigent des Universitätschores Ulm, des Kammerchores der Universität Ulm sowie des projektartigen Vokalensembles Uni Ulm zeichnet er verantwortlich für die überregionale Ausstrahlung der akademischen Ensembles.

Der Kammerchor wurde von ihm 2012 gegründet und in wenigen Jahren zur Reife einer „H-Moll-Messe“ und vielfältiger moderner Literatur geführt, während das Vokalensemble Wettbewerbserfolge beim Deutschen Chorfest Stuttgart 2016 und Einladungen zu Konzertreihen sowie an etablierte Spielorte vorzuweisen hat. Frühere Stationen von Haupt waren u.a. die Leitung der Chorabteilung der Sing- und Musikschule Kempten, die Gründung des Jungen Konzertchores Ulm oder die künstlerische Leitung des Jugendsinfonieorchesters Kempten.

Haupt leitete Aufführungen zahlreicher Oratorien, symphonischer Literatur sowie einer großen Auswahl an A-cappella-Literatur, darunter auch moderne und zeitgenössische Kompositionen sowie Uraufführungen. Er konzertierte mehrfach beim Festival für Neue Musik Utopie jetzt! in Mühlheim/Ruhr, dem Festival für europäische Kirchenmusik in Schwäbisch Gmünd, den Donaueschinger Musiktagen und bei Engagements im Inland, unter anderem mit Helmuth Rilling und der Gächinger Kantorei - die CD-Produktion wurde mit dem ECHO Klassik ausgezeichnet - sowie in mehreren europäischen Hauptstädten.

In zahlreichen Projekten dirigierte er verschiedene etablierte Chöre und Orchester, wie das Hochschulorchester und den Hochschulchor Trossingen, das Collegium Musicum Ulm, das Schwäbische Jugendsinfonieorchester, den Chor der Hochschule Neu-Ulm, das Vokalensemble Trossingen, das Collegium Musicum Besigheim, das Ensemble Polyphonie T, den Kammerchor der Hochschule für Musik Trossingen, das Ensemberlino Vocale, den Kammerchor der Hochschule für Musik Stuttgart, das Kammerorchester Ulm aus Mitgliedern des Philharmonischen Orchesters der Stadt Ulm oder die Kammerphilharmonie Bodensee-Oberschwaben.

Auch als Sänger ist er in der professionellen Szene Süddeutschlands tätig und weiß so besonders gut um die Belange leistungsorientierter Chöre. Er wirkte bei Aufführungen zahlreicher Werke der Avantgarde mit.