Die Core Facility Genomics der Medizinischen Fakultät bietet Dienstleistungen für alle Arbeitsgruppen von Ulm Klinikum, Ulm Universität und externen Firmen/Universitäten für ihre Forschungen an.
Sie setzt sich zusammen aus der ehemaligen Chip-Facility sowie der neu etablierten ‚Next Generation Sequencing‘ Einheit.

Das Sequenzierungsangebot umfasst sowohl die gesamte experimentelle Planung als auch die bioinformatische Auswertung und Betreuung der Projekte (Prof. Dr. H. A. Kestler (Institut für Medizinische Systembiologie) & Dr. K. Holzmann (Core Facility Genomics).

Im Bereich Next Generation Sequencing hat die Core Facility Genomics von 2013 bis Anfang 2019 einen HiSeq 2000 der Firma Illumina eingesetzt. Seit Februar 2019 verfügt die Core-Facility jetzt über einen NextSeq 550, womit die Flexibilität hinsichtlich der Größe der Sequenzierprojekte merklich verbessert werden konnte.

Methodenspektrum:

• Whole Genome Sequenzierungen
• Exom Sequenzierungen
• Panel Sequenzierungen
• RNA Sequenzierungen (auch aus minimalen RNA Mengen)
• miRNA Sequenzierungen (aus Plasma, aus Exosomen)
• ChIP Sequenzierungen
• Mikrobiom Sequenzierungen
• Single Cell RNA Seq (Chromium iX)

Im Bereich Microarrays steht sowohl ein System der Firma Affymetrix zur Verfügung, als auch ein Microarray Spotter um sogenannten Custom Arrays herstellen.

Methodenspektrum:

• Expressionsprofilanalysen
• miRNA Analysen
• SNP/Copy Number Analysen
• ChIP on Chip Analysen
• Sequenzierung mitochondrialer DNA
• Unterstützung bei der Etablierung von Custom Arrays