Die ULMTeC Core Facility Genomics der Medizinischen Fakultät bietet Dienstleistungen für alle Arbeitsgruppen des Universitätsklinikums Ulm,  der Universität Ulm und externen Firmen/Universitäten für ihre Forschung an. Sie setzt sich aus der ehemaligen Chip-Facility sowie der neu etablierten 'Next Generation Sequencing' Einheit zusammen.

Das Sequenzierungsangebot umfasst sowohl die gesamte experimentelle Planung als auch die bioinformatische Auswertung und Betreuung der Projekte (Prof. Dr. H. A. Kestler (Institut für Medizinische Systembiologie) & Dr. K. Holzmann (Core Facility Genomics).

QuickLinks

Probenanmeldung DFG Hochdurchsatzsequenzierung Kostenreduktion Bioinformatik 

Im Bereich Next Generation Sequencing setzte die Core Facility Genomics anfänglich von 2013 bis 2019 einen HiSeq 2000 der Firma Illumina ein. Dieser wurde nachfolgend durch einen NextSeq 550 ersetzt, womit die Flexibilität hinsichtlich der Größe der Sequenzierprojekte merklich verbessert werden konnte.

Seit Juli 2025 sind wir nun in der Lage die Sequenzierprojekte auf einem NextSeq 1000 durchzuführen. Dieser ermöglicht eine deutliche Senkung der Sequenzierkosten im Bereich von 25-50% (je nach Projekt) und ist zusätzlich in der Lage verschiedene Standardauswertungen ohne zusätzliche Kosten direkt auf dem Gerät auszuführen.

Kunden die keinen bioinformatischen Support benötigen, können wir somit zukünftig erheblich schneller mit Daten beliefern. 

Methodenspektrum:

• Whole Genome Sequenzierungen
• Exom Sequenzierungen
• Panel Sequenzierungen
• RNA Sequenzierungen (auch aus minimalen RNA Mengen)
• miRNA Sequenzierungen (auch aus Plasma, aus Exosomen)
• ChIP Sequenzierungen
• Mikrobiom Sequenzierungen
• Single Cell RNA Seq (Chromium iX)

Im Bereich Microarrays steht sowohl ein System der Firma Affymetrix zur Verfügung, als auch ein Microarray Spotter um sogenannten Custom Arrays herstellen.

Methodenspektrum:

• Expressionsprofilanalysen
• miRNA Analysen
• SNP/Copy Number Analysen
• ChIP on Chip Analysen
• Sequenzierung mitochondrialer DNA
• Unterstützung bei der Etablierung von Custom Arrays