Leitung
Prof. Konstanze Döhner

Stellv. Leitung
Dr. Karlheinz Holzmann
Tel:  0731 500 44694

Die Core Facility Genomics der Medizinischen Fakultät bietet Dienstleistungen für alle Arbeitsgruppen von Ulm Klinikum, Ulm Universität und externen Firmen/Universitäten für ihre Forschungen an.
Sie setzt sich zusammen aus der ehemaligen Chip-Facility sowie der neu etablierten ‚Next Generation Sequencing‘ Einheit.

Das Sequenzierungsangebot umfasst sowohl die gesamte experimentelle Planung als auch die bioinformatische Auswertung und Betreuung der Projekte (Prof. Dr. H. A. Kestler (Institut für Medizinische Systembiologie) & Dr. K. Holzmann (Core Facility Genomics).

Ausstattung

Bild des NextSeq 550, der die Sequenzierung von Exomen und ganzen Genomen ermöglicht.
Illumina NextSeq550
Bild des Chromium-IX-Geräts, mit dem Tröpfchen einzelner Zellen erzeugt und analysiert werden können.
Chromium iX

Next Generation Sequencing

Im Bereich Next Generation Sequencing hat die Core Facility Genomics von 2013 bis Anfang 2019 einen HiSeq 2000 der Firma Illumina eingesetzt. Seit Februar 2019 verfügt die Core-Facility jetzt über einen NextSeq 550, womit die Flexibilität hinsichtlich der Größe der Sequenzierprojekte merklich verbessert werden konnte.

Methodenspektrum:

  • Whole Genome Sequenzierungen
  • Exom Sequenzierungen
  • Panel Sequenzierungen
  • RNA Sequenzierungen (auch aus minimalen RNA Mengen)
  • miRNA Sequenzierungen (aus Plasma, aus Exosomen)
  • ChIP Sequenzierungen
  • Mikrobiom Sequenzierungen
  • Single Cell RNA Seq (Chromium iX)
Die Microarray-Technologie ermöglicht die Auswertung des mRNA-Expressionsprofils von Tausenden von Genen in einem einzigen Experiment.
Affymetrix GeneChip Microarrays

Affymetrix GeneChip Microarrays

Im Bereich Microarrays steht sowohl ein System der Firma Affymetrix zur Verfügung, als auch ein Microarray Spotter um sogenannten Custom Arrays herstellen.

Methodenspektrum:

  • Expressionsprofilanalysen
  • miRNA Analysen
  • SNP/Copy Number Analysen
  • ChIP on Chip Analysen
  • Sequenzierung mitochondrialer DNA
  • Unterstützung bei der Etablierung von Custom Arrays

Weitere Informationen

* Zugriff nur aus dem Uni-Netz möglich. Externe Nutzende bitte anfragen.