Core Facility Genomics

Die Core Facility Genomics der Medizinischen Fakultät bietet Dienstleistungen für alle Arbeitsgruppen von Klinikum, Universität und externen Firmen/Universitäten für ihre Forschungen an.

Die Core Facility Genomics setzt sich zusammen aus der ehemaligen Chip-Facility sowie der neu etablierten ‚Next Generation Sequencing‘ Einheit.

Im Bereich Microarrays steht sowohl ein System der Firma Affymetrix zur Verfügung, als auch ein Microarray Spotter um sog. Custom Arrays herzustellen.

Angeboten werden:

  • Expressionsprofilanalysen
  • miRNA Analysen     
  • SNP/Copy Number Analysen
  • ChIP on Chip Analysen
  • Sequenzierung mitochondrialer DNA

Im Bereich Next Generation Sequencing hat die Core Facility Genomics von 2013 bis Anfang 2019 einen HiSeq 2000 der Firma Illumina eingesetzt. Seit Februar 2019 verfügt die Core-Facility jetzt über einen NextSeq 550, womit die Flexibilität hinsichtlich der Größe der Sequenzierprojekte merklich verbessert werden konnte.

Sequenzierungen auf dem NextSeq 550 sind gegenüber dem HiSeq sowohl preislich günstiger als auch wesentlich schneller. Während die Sequenzierung von 200 Basen auf dem HiSeq noch 10 Tage in Anspruch nahm, dauert eine Sequenzierung von 300 Basen auf dem NextSeq nur noch 29 Stunden.

Angeboten werden:

  • Whole Genome Sequenzierungen
  • Exom Sequenzierungen
  • Panel Sequenzierungen
  • RNA Sequenzierungen (auch aus minimalen RNA Mengen)
  • miRNA Sequenzierungen
  • miRNA Sequenzierungen aus Plasma
  • miRNA Sequenzierungen aus Exosomen
  • ChIP Sequenzierungen
  • Mikrobiom Sequenzierungen

Das Sequenzierungsangebot umfasst sowohl die gesamte experimentelle Planung als auch die bioinformatische Auswertung und Betreuung der Projekte (Prof. Dr. H.A. Kestler (Institut für Medizinische Systembiologie) & Dr. K. Holzmann (Core Facility Genomics)).