Die ULMTeC Core Unit Massenspektrometrie und Proteomics (CUMP) bietet allen Arbeitsgruppen des Klinikums und der Universität Ulm sowie externen Firmen und akademischen Institutionen, die Möglichkeit modernste Proteomforschung zur Identifizierung und Quantifizierung von Proteinen & Post-Translationalen Modifikationen an. Maßgeschneiderte massenspektrometrische Lösungen auf ESI- oder MALDI-Instrumenten werden angeboten, ergänzt durch effiziente Datenanalysetools. Von der Konzeptionierung, über die experimentelle Planung bis hin zu praktischen Anwendungstipps erfahren sie eine ausführliche Beratung durch die Mitarbeiter der CUMP.
Leistungen
Mit der SDS-PAGE und SCX-Chromatographie stehen potente Methoden zur Probenfraktionierung zur Verfügung. Bei der massenspektrometrischen Analyse können verschiedene Fragmentierungstechniken (CID, HCD, MSA) eingesetzt werden.
Zur Datenauswertung und statistischen Analyse steht eine Vielzahl unterschiedlicher Programme und Lösungen zur Verfügung. Die in der CUMP etablierten Methoden und Technologien ermöglichen die Bearbeitung eines breiten Spektrum biologischer und medizinischer Fragestellungen. Dabei können sowohl komplizierte qualitative als auch quantitative Analysen unter Einsatz aller gängigen Methoden (Label-frei, SILAC, isobare Reagenzien) durchgeführt werden.
Methodenspektrum:
- Protein/Peptidfraktionierung (SDS-PAGE, SCX-Chromatographie)
- Proteolytischer Verdau
- Peptidanreicherung (TiO2-Anreicherung von Phosphopeptiden)
- Massenspektrometrische Analyse
- Bioinformatische Datenauswertung (qualitativ und quantitativ)
- Statistische Analyse
Ausstattung
Orbitrap Elite
- Die CUMP betreibt derzeit eine Thermo Scientific Orbitrap Elite, welche online mit einer Dionex RSLCnano uPLC gekoppelt ist. Diese Kombination erlaubt die Identifizierung und Quantifizierung tausender Proteine und Post-Translationaler Modifikationen.
HPLC Anlage
- Die CUMP betreibt auch eine eine multi-dimensionale HPLC Anlage zur Auftrennung von Peptiden und Proteinen mittels Kationenaustauscher- (SCX) oder Größenausschlusschromatographie (SEC).
MALDI-TOF
- Das AXIMA-Confidence bietet die notwendige Empfindlichkeit bei hervorragender Massengenauigkeit und Massenauflösung zur eindeutigen Identifizierung der interessierenden Proteine.