Seminar Sequenzanalyse

Ankündigung

Das Seminar soll wöchentlich stattfinden. Der Termin wird nach Absprache festgelegt. Am Montag, den 20. April findet in O27/531 um 16:15 Uhr eine Vorbesprechung mit Themenvergabe statt.

 

Inhalt

Das Seminar behandelt verschiedene Themen der Sequenzanalyse, etwa

  • Algorithmen zur exakten Suche: Knuth-Morris-Pratt, Boyer-Moore, Aho-Corasick
  • paarweises Alignment und approximative Suche mit Dynamic Programming
  • multiples Alignment
  • Suffixbäume und Suffixarrays mit Anwendungen
  • Suffixlinks in Suffixbäumen und Suffixarrays, Matching Statistics
  • Longest/Heaviest Increasing Subsequence, Software-Tool MUMmer
  • Chaining Algorithmen, Software-Tool CoCoNUT
  • Filteralgorithmen zur approximativen Suche

Literatur: 

  • Zeitschriftenartikel
  • D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.

Termine

Vorbesprechung mit Themenvergabe am 20. April 2009.