Hauptseminar Bioinformatik

Ankündigung

Das Seminar wird je nach Teilnehmerzahl entweder als Blockseminar oder wöchentlich abgehalten, Termin nach Absprache. Am Dienstag, den 15. April um 14:15 Uhr findet in O27/531 eine Vorbesprechung statt.
Die Themen werden nach dem "first come - first serve" Prinzip vergeben. Bei Interesse email an Martin Bader, oder einfach mal vorbeischauen (O27/508) - ich gebe gerne nähere Informationen zu den einzelnen Themen.

Inhalt

In diesem Seminar sollen ergänzend zu den Bioinformatik-Vorlesungen grundlegende Themen der Bioinformatik sowie einige neuere Forschungsergebnisse vorgestellt werden. Ein Besuch der Bioinformatik-Vorlesungen ist jedoch nicht Voraussetzung für das Seminar, (fast) alle Themen können auch ohne Grundkenntnisse in Bioinformatik bearbeitet werden.

  • Biologische Einführung
  • Multiples Alignment
  • BLAST
  • Inverses Alignment
  • Sorting by Transpositions
  • Sorting by Translocations, Inversions, and Block Interchanges
  • Der Reversal-Median ist NP-hart
  • Phylogenetische Rekonstruktion basierend auf der Inversionsdistanz
  • RNA-Sekundärstrukturvorhersage ohne Pseudoknoten
  • RNA-Sekundärstrukturvorhersage mit Pseudoknoten
  • Enhanced Suffix Arrays
  • Lempel-Ziv Faktorisierung mit Suffix Arrays
  • Compressed Suffix Arrays

Vorlesungszeiten

nach Vereinbarung