Seminar Bioinformatik

Ankündigung

Das Seminar soll wöchentlich stattfinden.  

Inhalt

In diesem Seminar sollen ergänzend zu den Bioinformatik-Vorlesungen grundlegende Themen der Bioinformatik sowie einige neuere Forschungsergebnisse vorgestellt werden. Ein Besuch der Bioinformatik-Vorlesungen ist jedoch nicht Voraussetzung für das Seminar, (fast) alle Themen können auch ohne Grundkenntnisse in Bioinformatik bearbeitet werden.

  • Biologische Einführung
  • paarweises Alignment und approximative Suche mit Dynamic Programming
  • Filteralgorithmen zur approximativen Suche
  • Suffixbäume und Suffixarrays mit Anwendungen
  • Lempel-Ziv Faktorisierung mit Suffixarrays
  • Longest/Heaviest Increasing Subsequence, Software-Tool MUMmer
  • Chaining Algorithmen, Software-Tool CoCoNUT
  • Komprimierte Suffixarrays, Wavelet trees
  • Neue Algorithmen auf komprimierten Suffixarrays
  • RNA-Sekundärstrukturvorhersage
  • Suche von RNA-kodierenden Genen in Genomen mit Wavelet trees

Literatur: 

  • Zeitschriftenartikel
  • D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.

Termine

Die Vorbesprechung zur Themenvergabe findet am 20.04.2010 um 16:00 Uhr im Raum O27/531 statt.

Weitere Informationen