Als zentrale Einrichtung der Universität Ulm hat der Botanische Garten in erster Linie Aufgaben in den Bereichen der wissenschaftlichen Forschung und Lehre zu erfüllen. Für den studentischen Unterricht stehen dokumentierte Pflanzensammlungen sowie Versuchsflächen im Freiland und in den Gewächshäusern zur Verfügung. Weiterhin betreibt der Botanische Garten eine intensive Öffentlichkeitsarbeit und erfüllt damit wichtige Aufgaben im Bereich der Umweltbildung.