Else Kröner Forschungskolleg Ulm

 

Entwicklung und Etablierung prädiktiver Modelle zur Realisierung von Personalisierter Tumortherapie

Die moderne Präzisionsonkologie möchte den einzelnen Patienten die richtige Therapie zum richtigen Zeitpunkt zur Verfügung stellen. Allerdings fehlen dafür meist noch prädiktive Biomarker und die hohe molekulare Heterogenität sowie eine Therapie-assoziierte Tumorevolution machen vor allem bei soliden Tumoren dieses Konzept bislang nur für einen kleinen Teil der Patienten realisierbar. Es besteht daher ein hoher Bedarf für neue, unmittelbar translatierbare, prädiktive Technologien. Das übergreifende wissenschaftliche Thema des Kollegs ist daher die Entwicklung und Etablierung von neuen prädiktiven Modellen für die Präzisionsonkologie. Dazu sollen Organoidsysteme, die Isolierung und Untersuchung zirkulierender Tumorzellen und genetische Analysen auf Einzelzellbasis für den unmittelbaren wissenschaftlich-klinischen Einsatz kombiniert werden.

Die Universität Ulm hat seitlangem ein starkes internationales Profil im Bereich onkologischer Erkrankungen. Im Fokus der im onkologischen Spitzenzentrum Comprehensive Cancer Center Ulm gebündelten, wissenschaftlichen Ansätze stehen patientennahe Fragestellungen, die in multizentrischen Studien untersucht werden. Die Universität Ulm ist Vorreiter bei der molekularen Typisierung von hämatologisch-onkologischen Neoplasien und der Identifikation neuer prognostisch-prädiktiver Marker und Resistenzmechanismen bei diesen Erkrankungen. Die gezielte Anwendung von OMICS Technologien, angeführt von der Tumor- DNA-Sequenzierung, ist hierbei ein wesentlicher Fortschritt zur Realisierung der "personalisierten Onkologie".

Sprecher

Prof. Dr. med. Alexander Kleger
Prof. Dr. med. Thomas Seufferlein

Clinician Scientists

Christopher Hofmann, Klinik für Innere Medizin I
Dr. med. Yazid Resheq, Klinik für Innere Medizin I
Dr. med. Benedikt Josef Heitmeir, Klinik für Frauenheilkunde und Gynäkologische Onkologie

Dr. med. Yuanna Lin, PhD, Klinik für Innere Medizin I

Dr. med. Michael Melzer, Klinik für Urologie
Dr. Julia Maier, Institut für Medizinische Systembiologie

Dr. med. Michael Melzer, Klinik für Urologie

Patient-derived and stem cell-derived organoids as a predictive tool for personalized medicine


Patient-derived organoids present a unique opportunity to strive for personalized medicine. Isolation and propagation of tumor cells from patients with urological malignancies such as bladder cancer holds great promise to improve the survival of individuals with locally advanced or metastasized disease. Recruiting patients with bladder cancer before treatment will enable us to compare the in vitro response of organoids with the actual response of the patient. By comparison of numerous patients with their respective organoids, we will validate the method in preparation for an early phase clinical trial to implement organoid systems into the clinical routine.
In a second approach, we will employ stem-cell-derived organoids to understand the onset and progression of bladder cancer. Orchestration of different compounds in vitro allows directing the differentiation of pluripotent stem cells into virtually every somatic cell type. Setting up a urothelial differentiation protocol will allow unlimited access to genetically well-defined urothelial cells to serve as a starting point for modeling early steps during bladder cancer carcinogenesis. Introducing inducible oncogenes and knockout of tumor suppressors into pluripotent stem cells will allow to follow the genotype-dependent fate of individual stem cell-derived urothelial cells to luminal or basal tumor types and ultimately mediate a new understanding of tumor biology.
In a third approach, we will apply different stem-cell-derived cell and organoid types such as blood vessel organoids or smooth muscle cells to substantiate in vitro urothelial (cancer) organoids with their genuine niche. Generating multicellular systems will enhance our understanding of tissue development and tumor evolution and generate access to unique, sophisticated model systems

 

Dr. med. Christopher Hofmann, Klinik für Innere Medizin I

Klonale Stammzellkompetition in der altersabhängigen Kanzerogenese

Am Anfang jeder Tumorerkrankung steht eine (Stamm)Zelle, die sich in ihrer Entwicklung gegen andere (Stamm)Zellen durchsetzt. Bei einer Entität wie dem kolorektalen Karzinom sind mittlerweile diverse Treibermutationen und andere Faktoren bekannt, die in Stammzellen zu einem kompetitiven Vorteil führen können. Mit steigendem Alter eines Individuums steigt die Wahrscheinlichkeit der Entwicklung eines kolorektalen Karzinoms. Bei dem kolorektalen Karzinom liegt z.B. das mediane Erkrankungsalter zwischen 70 und 75 Jahren. Dies lässt unmittelbare Kausalzusammenhänge zwischen den molekularen und zellulären Veränderungen in der Alterung und dem Durchsetzen von Stammzellen im kolorektalen Karzinom vermuten. Bisherige Erklärungsmodelle, wie die Adenom-Karzinom-Sequenz, stoßen jedoch immer häufiger an Ihre Grenzen und werden mittlerweile grundlegend in Frage gestellt. Dagegen mehren sich die Hinweise darauf, dass der Alterungsprozess selbst Einfluss auf das kompetitive Verhalten von Stammzellen hat und damit ein direkter Wegbereiter einer schlussendlich maligen Entartung darstellt.
Ziel der Forschungsarbeit - im Rahmen des Else Kröner Forschungskollegs - ist es nun, die unterschiedliche klonale Kompetition von Stammzellen in humanen Kolon-Organoiden zu untersuchen. Mithilfe viraler Vektoren werden gesunde Organoide von jungen und alten Spendern durch Aktivierung von Treibermutationen modifiziert, um das nun veränderte kompetitive Verhalten in der Organoidkultur zu bestimmen und quantifizieren. Hierzu sollen auch Einzel-zellanalysen durchgeführt werden. Ein besonderer Schwerpunkt soll dabei auf dem direkten Vergleich von Organoiden junger und alter Spender liegen, und der Untersuchung der Rolle von bekannten Mechanismen der Alterung von Stammzellen für die veränderte Kompetition. Das zu vermutende unterschiedliche Kompetitionsverhalten soll bisher unbekannte Schritte der Kanzerogenes aufdecken und im Idealfall Möglichkeiten und Ansatzpunkte zur Prävention oder Therapie solcher Ereignisse aufzeigen.  

 

 

Dr. med. Yazid Resheq, Klinik für Innere Medizin I

Transendothelial Migration and Immunometabolism in Tumor-Immune-Escape
 

A hallmark of malignant tumors is there capability to escape immune-recognition and -rejection, also known as tumor-immune-escape. Amongst the mechanisms tumors may apply to orchestrate tumor-immune-escape, prevention of transendothelial infiltration of their microenvironment (I.), infiltrating distant organs with distinct tolerogenic properties (II.) as well as suppression of effector cells (III.) are the perhaps most prominent ones. 


I. A specific feature of solid tumors is their capacity to prevent their transendothelial infiltration i.e. by manipulating their surrounding vessels. To date, it is not well understood to what extent interaction of immune-cells with tumors or their bystander (i.e. throughout priming) affects their transendothelial migration (TEM), hence preventing them to “patrol” for other malignant cells. Using a unique life-cell-imaging technique, so called flow-based adhesion assays (flow-assays), my group will address this issue as I expect that this may hold clues for enhancing the efficacy of cellular immunotherapy in solid tumors.  


II. The liver is an organ with distinct tolerogenic properties and a frequent target of hematogenous metastases in GI-oncology, most notably in pancreatic cancer. Intriguingly, a recent study showed that liver metastases affect the immunological rejection of tumors at distant site independent of the hepatic tumor burden. Based on this finding my group will employ flow-assays in order to analyze how to prevent metastases to the liver in an early stage hence improving the outcome of immunotherapy.


III. Since the introduction of immunotherapy into treatment of solid tumors, several studies indicate that immunometabolism is critical for their efficacy. In a recent study we showed that H2O2-production and LDL-uptake are interconnected in the induction of tolerogenic dendritic cells. Based on this finding, I am planning to analyze whether this mechanism can be exploited to tackle tumor-immune-escape. 

 


 

 


 

 

Dr. Benedikt Josef Heitmeir, Klinik für Frauenheilkunde und Gynäkologische Onkologie

Variants of uncertain significance (VUS) characterisation by DNA repair and replication assays
 

Gerade bei Patientinnen und Patienten mit aggressiven Formen von Brust und Eierstockkrebs zeigt sich oftmals eine familiäre Häufung dieser Erkrankung. Die bisher etablierten Risikogene zeigen nur in einem Teil (ca. 30%) der betroffenen Patientinnen und Patienten genetische Veränderungen. Es besteht ein Zusammenhang vieler (etablierter) Risikogene mit einer defekten oder fehleranfälligen Reparatur von DNA-Doppelstrang-Brüchen. 
Das Ziel dieses Projekts ist, die funktionellen Konsequenzen der genetischen Veränderungen, insbesondere Änderungen in der DNA-Reparatur-Aktivität und der DNA-Replikation in Zellen von Patientinnen und Patienten mit erblichem Brust- und Eierstockkrebs an Blutproben zu bestimmen (liquid biopsy). Weiterhin soll auf genetische Veränderungen, sowohl in den bekannten Risikogenen, als auch in möglicherweise neuen Genen rückgeschlossen werden. Zu vielen genetischen Varianten von Risikogenen, welche durch den massenhaften Einsatz des NGS entdeckt wurden, können keine Aussagen zur tatsächlichen Pathogenität oder funktionellen Auswirkung gemacht werden. Ein weiteres Ziel wäre daher die Etablierung von Biomarkern oder Tests zur Bestimmung der Pathogenität von genetischen Varianten mit derzeit noch unklarem Phänotyp. Insbesondere soll sich auf TP53 und FAM175A fokussiert werden.

Dr. Julia Maier, Institut für Medizinische Systembiologie

Boolean network modeling to elucidate the pathobiology of Richter Syndrome

The transformation of indolent B-cell malignancies into aggressive lymphoproliferative diseases is a therapeutically challenging field. Chronic lymphocytic leukemia is an indolent B-cell neoplasm which, in 5-10% of cases, will undergo malignant transformation into an aggressive B-cell lymphoma, most commonly a diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) or classical Hodgkin Lymphoma, termed Richter syndrome (RS). Despite intensive therapy, patients with RS have a poor clinical outcome with a median survival of 1-2 years from diagnosis. Until now, most RS patients are treated using a similar therapeutic regimen to that of patients with de novo DLBCL, even though RS and de novo DLBCL have been shown to be distinct disease entities. In view of the poor prognosis of RS patients despite intensive therapy, more targeted approaches to RS are urgently needed.
In this project I aim to further elucidate the pathobiology of transformation from indolent B-cell malignancies into aggressive lymphoma on the basis of dynamic mathematical models and simulation and further combine this knowledge with well-established in vitro methods of molecular biology.

 

 

Dr. med. Yuanna Lin, PhD, Klinik für Innere Medizin I

Mechanisms of pancreatic cancer cell resistance to T cell-mediated cytotoxicity

Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is a deadly disease with limited treatment options and mostly resistant to immunotherapy. Despite a high abundance of T cells in its microenvironment, their ability in executing a cytotoxic response is thought to be diminished by an immunosuppressive microenvironment as well as cancer cell-autonomous resistance mechanisms. Pancreatic cancer cell-autonomous resistance mechanisms intersect with known oncogenic pathways and understanding their interplay is essential to uncover targetable genes and associated pathways that modulate T cell-responses. We use PDAC clonal cell lines from KPC (LSL-KrasG12D/LSL-TP53R172H/P48-cre) tumors either resistant or sensitive to killing by in vivo tumor-educated T cells in co-culture. Based on our comparative transcriptomic analysis of sensitive and resistant PDAC cells, we will first focus on the most promising gene candidates and differentially activated pathways, which potentially modulate a T cell response against cancer cells. In addition, we will perform a kinome-wide shRNA library screen on PDAC cells to identify kinases that are rate-limiting for the resistant phenotype in sensitive cancer cells and control the sensitive phenotype in resistant cancer cells. The identified candidate genes will be validated and characterized using in vitro and in vivo assays. The clinical significance will be assessed by correlative analysis of gene expression and outcomes in PDAC samples. Identification and characterization of novel genes and pathways in regulating T cell response could provide insights into immunomodulatory actions of targeted anticancer drugs and how to apply kinase inhibitors to sensitize pancreatic cancer cells towards T cell-mediated cytotoxicity.

Veranstaltungen

  • Joint EKFS & CSP Retreat, Schloss Reisensburg, 11.04. - 12.04.2024
  • IGradU Fall Meeting 2023, Life Science Building N27, Multimedia Room, 7.11. - 9.11.2023
  • Seminar Prof. Dr. Nabeel El Bardeesy - Harvard University, 21.09.2023
  • EKFS-Kolleg Symposium, Frankfurt am Main, 23. - 24.03.2023
  • EKFS-interne Sitzung, 7. December 2022
  • Seminar Molekulare Onkologie, Block I - 19. - 22. April 2022 - Anwesenheit
  • IGradU Spring Meeting, 11. - 14. April 2022
  • GRK2254/HEIST WiKo - Dr. Han Li, Institut Pasteur, Paris - "The crosstalk between cell plasticity and senescence in health and disease", 21.02.2022, 17:00, Webinar
  • Seminar Molekulare Onkologie, Block II - 10. - 14. Januar 2022 - Videoaufzeichnung
  • Nachwuchs Science Day, "High risk, high gain" - 27. Oktober 2021, von 15:30 bis 17:30 (online)
  • Clinician Scientist Retreat 2021, Wissenschaftszentrum Schloss Reisensburg, 23. - 24. July 2021
  • CSP Seminars, jeder zweite Mittwoch, um 17:00

Publikationen

Krüger J, Fischer A, Breunig M, Allgöwer C, Schulte L, Merkle J, Mulaw MA, Okeke N, Melzer MK, Morgenstern C, Azoitei N, Seufferlein T, Barth TF, Siebert R, Hohwieler M, Kleger A. DNA methylation-associated allelic inactivation regulates Keratin 19 gene expression during pancreatic development and carcinogenesis. J Pathol. 2023 Oct;261(2):139-155. doi: 10.1002/path.6156. Epub 2023 Aug 9. PMID: 37555362

Melzer MK, Kleger A. Pancreatic acinar heterogeneity hijacks carcinogenesis and homeostasis. Cell Stem Cell. 2023 Aug 3;30(8):1003-1005. doi: 10.1016/j.stem.2023.07.008. PMID: 37541205

Merz S, Breunig M, Melzer MK, Heller S, Wiedenmann S, Seufferlein T, Meier M, Krüger J, Mulaw MA, Hohwieler M, Kleger A. Single-cell profiling of GP2-enriched pancreatic progenitors to simultaneously create acinar, ductal, and endocrine organoids. Theranostics. 2023 Mar 21;13(6):1949-1973. doi: 10.7150/thno.78323. PMID: 37064874; PMCID: PMC10091881.

Melzer MK, Resheq Y, Navaee F, Kleger A. The application of pancreatic cancer organoids for novel drug discovery. Expert Opin Drug Discov. 2023 Apr;18(4):429-444. doi: 10.1080/17460441.2023.2194627. Epub 2023 Mar 26. PMID: 36945198.

Karg MM, John L, Refaian N, Buettner C, Rottmar T, Sommer J, Bock B, Resheq YJ, Ksander BR, Heindl LM, Mackensen A, Bosch JJ: "Midkine Promotes Metastasis and Therapeutic Resistance via mTOR/RPS6 in Uveal Melanoma", Mol Cancer Res (2022) 20 (8): 1320–1336

Melzer MK, Zehe V, Zengerling F, Wezel F, Günes C, Maisch P, Bolenz C. Organoide als Meilenstein auf dem Weg zur personalisierten Therapie des Urothelkarzinoms: ein systematischer Review [Organoids as a milestone on the way to personalized treatment of urothelial carcinoma: a systematic review]. Urologie. 2022;61(7):745-752. doi:10.1007/s00120-022-01854-z

Melzer MK, Kleger A. Acute pancreatitis: Murine model systems unravel disease-modifying genes with potential implications for diagnostics and patient stratification [published online ahead of print, 2022 Jun 28]. United European Gastroenterol J. 2022;10.1002/ueg2.12272. doi:10.1002/ueg2.12272

Melzer MK, Roger E, Kleger A. State-matched organoid models to fight pancreatic cancer. Trends Cancer. 2022;8(6):445-447. doi:10.1016/j.trecan.2022.03.003

Melzer MK, Breunig M, Arnold F, Wezel F, Azoitei A, Roger E, Krüger J, Merkle J, Schütte L, Resheq Y, Zehe V, Zengerling F, Azoitei N, Singh S, Seufferlein T, Hohwieler M, Bolenz C, Günes C, Gout J, Kleger A: "Organoids at the PUB: The porcine urinary bladder serves as a pancreatic niche for advanced cancer modelling", Advanced Health Care, 2022, Jun; 11(11):e2102345.

Menzner AK, Rottmar T, Voelkl S, Bosch J, Mougiakakos D, Mackensen A, Resheq YJ: “Hydrogen-peroxide synthesis and LDL-uptake controls immunosuppressive properties in monocyte-derived dendritic cells”, Cancers 2021, 13(3):461.

Wezel F, Lustig J, Azoitei A, Liu J, Meessen S, Najjar G, Zehe V, Faustmann P, Zengerling F, John A, Martini T, Bolenz C, Günes C. Grainyhead-Like 3 Influences Migration and Invasion of Urothelial Carcinoma Cells. Int J Mol Sci. 2021 Mar 15;22(6):2959.

Karg MM, John L, Refaian N, Buettner C, Rottmar T, Sommer J, Bock B, Resheq YJ, Ksander BR, Heindl LM, Mackensen A, Bosch JJ: „Midkine is a survival factor that displays metastatic and therapeutic resistance functions in uveal melanoma” Mol. Cancer Science, accepted for publication 15.06.2021

Koordination

Priv.Doz. Dr. rer. nat. Ninel Azoitei

Institut für Molekulare Onkologie und Stammzellbiologie

e-mail: ninel.azoitei@uni-ulm.de

Phone: +49 - 731 - 500 45763