Kurzbeschreibung
Das Global Arrays Toolkit (GA) ist eine Programm-Bibliothek zum parallelen Rechnen, welche eine transparente "shared-memory" Programmschnittstelle für "distributed-memory" Computer bereit stellt. Der Zugriff auf die über viele Computer verteilten Arrays erfolgt hierbei mittels NUMA (non-uniform memory access) Techniken. Es wird also berücksichtigt, dass auf manche Speicherbereiche schnell und auf andere nur langsam zugegriffen werden kann. In diesem Sinne unterstützt GA das parallele Rechnen auf einer höhere Abstraktionsebene als OpenMPI, welches eher kommunikationsorientiert arbeitet.
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Verfügbarkeit an der Universität Ulm
| Zielsystem/Zielgruppe | Verfügbarkeit |
| bwUniCluster (Karlsruhe) | Nein |
| bwForCluster JUSTUS (Ulm) | Nein |
| kiz CUSS Linux Cluster (Ulm) | Ja, nach Laden des entsprechenden Moduls |
| kiz Linux Pools (Ulm) | Ja, nach Laden des entsprechenden Moduls |
| kiz Windows Pools (Ulm) | Nein |
| Uni-Ulm-weiter Lizenzzugriff | Ja, das Global Arrays Toolkit kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden |
| Externer Lizenzzugriff | Ja, das Global Arrays Toolkit kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden |
| Softwarebezug Studierende | Ja, das Global Arrays Toolkit kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden |
| Softwarebezug Mitarbeiter | Ja, das Global Arrays Toolkit kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden |
Nutzungsbedingungen und Lizenzvereinbarungen
Das Global Arrays Toolkit steht unter der Battelle Memorial Institute Lizenz und kann gemäß der Lizenz von jedem kostenlos verwendet werden.
Uniweiter Lizenzzugriff und Softwarebezug
Sie können das Global Arrays Toolkit im Bereich "Download" der Global Arrays Webseite herunterladen. Wenn Sie noch nicht registriert sind, werden Sie beim Download um Registrierung gebeten. Zur Compilierung von GA folgen Sie bitte den Anweisungen der Dokumentation auf der Webseite.
Weiterführende Dokumentation
Ausführliche Dokumentation zum Global Arrays Toolkit finden Sie im Bereich "Documentation" der Global Arrays Webseite.
Zugriff auf Software (oben genannte Cluster und Pools)
Auf den oben genannten Clustern und Pools steht das Global Arrays (GA) Toolkit per "module load" Befehl zur Verfügung. Hierbei muss darauf geachtet werden, dass der Compiler, OpenMPI und die BLAS/LAPACK Version zu dem Global Arrays Toolkit passen. Zuerst muss der Compiler, OpenMPI und BLAS/LAPACK geladen werden, dann GA.
Beispiel CUSS-Linux:
module load compiler/intel
module load mpi/openmpi/1.4.0_ge_int32_static-intel-10.1
module load numlib/mkl
module load lib/ga/4.0.8_tmpi_ge_mkl_sta_int32-intel-10.1
Beispiel CUSS-Solaris (die SunPerf Bibliothek ist hier per Default verfügbar):
module load compiler/sun
module load mpi/openmpi/1.4.0_ge_int32_static-sun-12u1
module load lib/ga/4.0.8_tmpi_ge_sperf_sha_int32-sun-12u1
Bitte verwenden Sie die Befehle
module avail mpi
und
module avail lib/ga
um alle verfügbaren OpenMPI-und GA-Varianten zu sehen.
Auswahlhilfe:
- Die Abhängigkeit von den angegebenen BLAS/LAPACK-Implementierungen ist nicht zwingend. Jedoch sind die angegebenen Kombinationen empfehlenswert und das "module load" Kommando besteht auf deren Erfüllung.
- Die Compiler-Version muss nicht zwingend identisch mit der im OpenMPI und GA Modul übereinstimmen. Zum Beispiel funktioniert das GA Modul "lib/ga/4.0.8_tmpi_ge_mkl_sta_int32-intel-10.1" sowohl mit dem Intel 10.1 als auch mit dem Intel 11.1 Compiler. Wesentlich ist jedoch, dass der Hersteller (hier Intel) nicht gewechselt wird. Auch bei zu großen Versionssprüngen (z.B. Intel 7.0 auf Intel 11.1) kann es zu Problemen kommen.
- Die "_tmpi_" Varianten verwenden TCGMSG-OpenMPI Kommunikation.
- Die "_ge_ " Varianten verwenden Gigabit Ethernet zur Kommunikation.
- Die "_sperf_" Varianten verwenden die SunPerf Bibliothek, die "_mkl_" Varianten die Intel Math Kernel Library und die "_acml_" Varianten die AMD Core Math Library.
- Die "_int32_" Varianten verwenden 32bit Integer (der Default). In der Regel sollten Sie eine "_int32_" Variante verwenden. Die "_int64_" Varianten verwenden 64bit Integer und sind dann von Interesse, wenn Ihre Arrays mehr als 2^32 Einträge enthalten. Sowohl die "_int32_" als auch die "_int64_" Varianten sind Module für 64bit Binärdateien. Einzig die "_m32_" Varianten (nur unter Solaris) sind für 32bit Binärdateien und sollten nur im Ausnahmefall verwendet werden.
- Die "_sta" Varianten verwenden (wo immer möglich) statische Bibliotheken; die "_sha" Varianten verwenden dynamische Bibliotheken.
- Unter CUSS-Linux empfehlen wir die Verwendung von "lib/ga/4.0.8_tmpi_ge_mkl_sta_int32-intel-10.1", unter CUSS-Solaris empfehlen wir "lib/ga/4.0.8_tmpi_ge_sperf_sha_int32-sun-12u1".
Zu jedem Global Arrays Modul erhalten Sie eine ausführliche Hilfe mittels des "module help" Befehls, zum Beispiel
module help lib/ga/4.0.8_tmpi_ge_mkl_sta_int32-intel-10.1
Bitte lesen Sie den Modul-Hilfetext bevor Sie das Modul verwenden.
Support
Bitte wenden Sie sich an unseren Softwaresupport, wenn Sie weitergehende Hilfe benötigen.